EVALUATION DE LA PERFORMANCE DE LA POLYMERASECHAIN REACTION COMPAREE A LA CULTURE DANS LE DIAGNOSTIC DE CHOLERA A KALEMIE, REPUBLIQUE DEMOCRATIQUE DU CONGO « Du 1èr Septembre 2023 au 31 Mars 2024 »

12 septembre 2024
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DEDICACE

A nos chers parents KWABIRE MUGEMUZI Benjamin et MAWAZO KAZIMBE Joséphine

REMERCIEMENTS

Avant toute chose nous remercions le bon Dieu de nous avoir donné la santé et la force pour conclure ce travail.

Au Professeur Dr DANIEL MUKADI BAMULEKA d’avoir accepté à diriger ce travail malgré ses multiples occupations et au Chef des Travaux MPALA ZABABU Trésor de nous avoir encadré et faciliter notre travail.

Nous exprimons notre gratitude aux autorités académiques et administratives ainsi qu’au corps professoral de l’ISTM-GOMA pour les efforts déployés en vue notre formation tout au long de notre cursus.

Nous remercions tous les agents de l’INRB-Goma qui nous ont aidé à réaliser ce projet.

Nous destinons également un remerciement spécifique à nos frères et sœurs WILLY

MUGEMUZI, Espoir BLESS, MAUSHAURI MUGEMUZI, MUGOBE FRANCOIS, BORA MUGEMUZI, ROSETTE KAZIMBE, ROSALIE KAZIMBE, JEANNE MUGEMUZI, GLOIRE

MUGEMUZI pour leur soutien moral et financier.  

A notre beau-frère LWAMBO JOSPIN pour son soutien moral. 

A nos amis : KENEDY BUKERIMANZA, GLOIRE BISIMWA, RACHEL SIMWA, SAMUEL SAFARI, ISHARA MASHIMANGO, BETTY BIPENDU, MOISE MULUME pour leurs conseils. 

A nos camarades de la promotion SHUKURU KASHAVU, SHAURI MAZEMBE, KAHAMBU Abigaël pour leur collaboration.   

SIGLES, ABREVIATIONS ET SYMBOLES

%          : Pourcentage
°C         : Degré Celsius
BP        : Boite Postale
CTC  : Centre de traitement du choléra 
DNS  : Direction nationale de la santé  
DRS  : Direction Régionale de la santé
EPA  : Eau Peptonée Alcaline
ESU  : Enseignement Supérieur et Universitaire
GNA  : Gélose Nutritive Alcaline
IgA       : Immunoglobuline A
IgG       : Immunoglobuline G
INRB  : Institut National de Recherche Biomédicale 
ISTM  : Institut Supérieur des Techniques Médicales
NaCl  : Chlorure de Sodium
OMS  : Organisation Mondiale de la Santé 
pH        : Potentiel d’Hydrogène
RDC  : République Démocratique du Congo 
TCBS  : Thiosulfate Citrate Bile Saccharose
UNICEF : Fonds des Nations Unies pour l’Enfance 
VNC    : Vibrio Non Cholérique
  

LISTE DES TABLEAUX 

Tableau n° I : Répartition des échantillons des cas suspects par sexe………………………….pg24

Tableau n° II : Présentation des échantillons des cas suspects par tranche d’âge……………….pg24

Tableau n° III : Répartition des cas selon la provenance………………………………………pg24

Tableau n° IV : Répartition des cas selon les souches de Vibrio cholerae lors de la culture….pg25

Tableau n° V : Répartition des cas selon les souches de Vibrio cholerae lors de la PCR……….pg25

Tableau n° VI : Présentation des résultats de la culture…………………………………………pg25

Tableau n° VII : Présentation des résultats de la PCR…………………………………………pg26

Tableau n° VIII. Fréquence des résultats globaux de la PCR et la culture………………………pg26 Tableau n° VIII. Paramètre de performance de la PCR comparée à la culture………………….pg27

RESUME

Introduction : notre travail a porté sur : « Evaluation de la performance de la Polymérase Chain Reaction comparée à la culture dans le diagnostic de cholera à Kalemie cas du 1èr septembre 2023 au 31 mars 2024 ». Les objectifs ci-après ont été poursuivis : Déterminer la fréquence du choléra des Centre de traitement de Cholera (CTC) de Kalemie ; Déterminer la sensibilité et la spécificité de la PCR par rapport à la culture dans le diagnostic du choléra dans la ville de Kalemie.   

Matériel et méthodes : nous avons effectué une étude transversale analytique 100 échantillons suspects de choléra. La méthode quantitative, la méthode qualitative ont été appuyées par la technique documentaire, la technique d’analyse au laboratoire et l’approche statique dont le logiciel SPSS a été utilisé à l’aide des tests de Khi- deux. La p-value a été dégagée pour la meilleure interprétation des résultats.

Résultats :  les deux sexes étaient représentés avec une prédominance masculine de 52 cas soit

52%, la tranche d’âge situé entre 15 ans et plus était la plus représentée avec 54 cas soit 54%. Le Vibrio cholerae Ogawa a été identifié dans100% de cas lors de la culture du choléra et aété identifié dans100% de cas lors de la PCR du choléra, 44 échantillons soit 44% étaient positifs à la culture des selles, 58 échantillons des selles étaient positifs à la PCR soit 58%. Par rapport à la PCR considérée comme référence, nous avons observé 44 Vrais Positifs (VP) et 0 Faux Positifs (FP), 14 Faux Négatifs (FN) et 42 Vrais Négatifs (VN). Nous avons trouvé la sensibilité à 75,9% pour une spécificité de 100%, la Valeur Prédictive positive a été calculée à 100% pour une Valeur Prédictive Négative à 75%.

Conclusion : La PCR s’est montrée plus performante que la culture dans le diagnostic du choléra.

Cependant il est utile d’évaluer la performance sur un nombre plus important d’échantillons.  

Mots-clés : Performance, Culture, PCR et Choléra.   

ABRSTACT

Introduction: our work focused on: “Evaluation of the performance of Polymerase Chain Reaction compared to culture in the diagnosis of cholera in Kalemie cases from September 1, 2023 to March

31, 2024”. the following objectives were pursued: Determine the frequency of cholera in the Cholera Treatment Center (CTC) of Kalemie; To determine the sensitivity and specificity of PCR versus culture in the diagnosis of cholera in the town of Kalemie.   

Material and methods: we carried out an analytical cross-sectional study of 100 suspected cholera samples. the quantitative method, the qualitative method was supported by the documentary technique, the laboratory analysis technique and the static approach of which the SPSS software was used with the help of the Khi-deux tests. The p-value was released for the best interpretation of the results.

Results: both sexes were represented with a male predominance of 52 cases or 52%, the age group between 15 years and over was the most represented with 54 cases or 54%. Vibrio cholerae Ogawa was identified in 100% of cases during cholera culture and was identified in 100% of cases during cholera PCR, 44 samples or 44% were positive in stool culture, 58 samples of stools were PCR positive, i.e. 58%. compared to the PCR considered as a reference, we observed 44 True Positives (VP) and 0 False Positives (FP), 14 False Negatives (FN) and 42 True Negatives (VN). we found the sensitivity at 75.9% for a specificity of 100%, the Positive Predictive Value was calculated at 100% for a Negative Predictive Value at 75%.

Conclusion: PCR was more effective than culture in the diagnosis of cholera. However, it is useful to evaluate the performance on a larger number of samples.  

Keywords: Performance, Culture, PCR and Cholera.   

TABLES DES MATIERES

DEDICACE…………………………………………………………………………………………………………………….. i

REMERCIEMENTS………………………………………………………………………………………………………… ii

SIGLES, ABREVIATIONS ET SYMBOLES……………………………………………………………………. iii

LISTE DES TABLEAUX………………………………………………………………………………………………… iv

RESUME……………………………………………………………………………………………………………………….. v

ABRSTACT…………………………………………………………………………………………………………………… vi

TABLES DES MATIERES…………………………………………………………………………………………….. vii

CHAPITRE I : INTRODUCTION …………………………………………………………………………………. – 1 –

I.1. EPIDEMIOLOGIE ………………………………………………………………………………………………… – 1 –

I.2.  PROBLEMATIQUE ……………………………………………………………………………………………… – 2 –

I.3. QUESTIONS DE RECHERCHE …………………………………………………………………………….. – 2 –

I.4. HYPOTHESES ……………………………………………………………………………………………………… – 2 – I .5. OBJECTIFS DU TRAVAIL …………………………………………………………………………………… – 2 – a) Intérêt personnel ………………………………………………………………………………………………………. – 3 –

b) Intérêt académique …………………………………………………………………………………………………… – 3 – I.8. SUBDIVISION DU TRAVAIL ……………………………………………………………………………….. – 3 –

CHAPITRE II : GENERALITES SUR LE CHOLERA ……………………………………………………. – 4 –

II.1. DEFINITION DES CONCEPTS …………………………………………………………………………….. – 4 –

II.2. VIBRIO CHOLERAE …………………………………………………………………………………………… – 4 –

II.3. RESERVOIR DU GERME ……………………………………………………………………………………. – 5 –

II.4. PHYSIOPATHOLOGIE DU CHOLERA ………………………………………………………………… – 5 –

II.5. MODES DE CONTAMINATION ………………………………………………………………………….. – 6 –

II.6. FACTEURS FAVORISANT LA CONTAMINATION …………………………………………….. – 6 –

II.7.  MANIFESTATIONS CLINIQUES ……………………………………………………………………….. – 7 –

II.11. LES COMPLICATIONS ……………………………………………………………………………………. – 12 – II.12. PRONOSTIC ……………………………………………………………………………………………………. – 12 –

II.13. TRAITEMENT …………………………………………………………………………………………………. – 12 –

CHAPITRE III. MATERIEL ET METHODES …………………………………………………………….. – 17 –

III.1. CADRE D’ETUDE ……………………………………………………………………………………………. – 17 –

III.3. POPULATION D’ETUDE …………………………………………………………………………………. – 19 –

III.4. CRITERES DE SELECTION ……………………………………………………………………………… – 19 –

  1. 5. TECHNIQUE D’ECHANTILLONNAGE ET TAILLE D’ECHANTILLON …………… – 19 –

III.6. TECHNIQUES DE COLLECTE DES DONNEES ET ANALYSE DES DONNEES … – 19 –

  1. .7. METHODES ET APPROCHES D’ANALYSE DES DONNEES …………………………… – 22 –

III.8. VARIABLES A ETUDIER ………………………………………………………………………………… – 22 –

III. 9. SAISIE ET TRAITEMENT DES DONNEES ………………………………………………………. – 23 –

III. 10. CONSIDERATIONS ETHIQUES …………………………………………………………………….. – 23 –

CHAPITRE IV : RESULTATS …………………………………………………………………………………… – 24 –

CHAPITRE V : DISCUSSION ……………………………………………………………………………………. – 28 –

CHAPITRE VI : CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS ……………………………………… – 31 –

VI.1. CONCLUSION …………………………………………………………………………………………………. – 31 –

VI.2. RECOMMANDATIONS ……………………………………………………………………………………. – 31 –

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ………………………………………………………………………. – 32 –

CHAPITRE I : INTRODUCTION

 I.1. EPIDEMIOLOGIE

Le cholera est une infection bactérienne diarrhéique aigue provoquée par le bacille Vibrio cholerae qui se transmet par contact ou par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés. Il est caractérisé par l’émission des diarrhées aqueuses (type « eau de riz ») abondante, à début brutal si le cas n’est pas traité rapidement l’évolution peut mener à une déshydratation aigue, un collapsus circulatoire, une insuffisance rénale et au décès. Cette affection se multiplie très rapidement et elle est très contagieuse et la durée d’incubation est très courte. Cette maladie sévit toujours dans des nombreux pays en développement de façon endémique ou épidémique [1].

Dans le monde : Le choléra est une maladie diarrhéique aiguë causée par l’ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par la bactérie Vibrio cholerae. Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), on estime qu’il y a entre 1,3 et 4 millions de cas de choléra chaque année dans le monde, et que 21 000 à 143 000 décès dus au choléra surviennent chaque année [2].

L’Afrique est l’une des régions les plus touchées par le choléra avec une létalité de 9 à 12,5%. Les conditions sanitaires précaires, les systèmes d’approvisionnement en eau insuffisants et les défis liés à l’assainissement contribuent à la propagation de la maladie dans de nombreuses régions du continent [3].

La RDC a été touchée par des épidémies de choléra à plusieurs reprises au cours des dernières années avec une létalité de 12% chez les enfants de moins de 5 ans. Les régions les plus touchées sont souvent celles où les conditions sanitaires et l’accès à l’eau potable sont limités [4].

Le Nord Kivu, une province de la RDC, a également été confronté à des épidémies de choléra. En raison des conflits armés et des déplacements de population, il peut être difficile d’assurer un accès adéquat à l’eau potable et à des installations sanitaires sûres, ce qui augmente le risque de propagation du choléra [5].

Le diagnostic se fait par la culture et prend beaucoup de temps 3 à 4 jours de réception des échantillons et la culture n’est pas disponible sur l’ensemble du territoire national ce qui rend le diagnostic lent et inaccessible à tous. Cependant la PCR quoi que cher et requérant un personnel qualifié se présente comme une alternative diagnostique aux côtés des instruments tels que les TDR et la culture etc. Cependant la PCR devrait être aussi performante et facile à exécuter pour la rendre efficace, reproductible et praticable sur l’ensemble du territoire national si les moyens s’y prêtent. 

I.2.  PROBLEMATIQUE

Le diagnostic du choléra doit être rapide et précis pour permettre une prise en charge adéquate. A ce jour, la culture est le test standard. Pourtant elle prend plusieurs jours de réception des échantillons et cela peut retarder le diagnostic et la pris en charge. Voilà pourquoi les outils tels que les Test de Diagnostic Rapide (TDR) et la PCR peuvent être des alternatives efficaces au diagnostic. Mais il sera utile d’évaluer leur performance avant toute utilisation à large échelle. C’est ainsi que nous avons voulu évaluer sur une petite échelle la performance de la PCR face à la culture comme test de référence.   

I.3. QUESTIONS DE RECHERCHE  

I.3.1. Question générale

La PCR peut-elle être utilisée à la place de culture dans le diagnostic du choléra ? 

I.3.2. Questions spécifiques 

  1. Quelle est la performance de la PCR comparée à la culture dans le diagnostic du choléra dans les formations sanitaires en République Démocratique du Congo ?
  2. Quelle est la sensibilité et la spécificité de la PCR par rapport à la culture dans le diagnostic du choléra dans la ville de Kalemie ?

I.4. HYPOTHESES

Pour répondre à ces questions, nous nous sommes émises les hypothèses suivantes :

La PCR serait plus performante que la culture dans le diagnostic du choléra dans les formations sanitaires en République Démocratique du Congo 

I .5. OBJECTIFS DU TRAVAIL

I.5.1. Objectif général

Améliorer le diagnostic du choléra en RDC

I.5.1. Objectifs spécifiques 

  1. Evaluer la performance de la PCR face à la culture dans le diagnostic du choléra. 
  2. Déterminer la sensibilité et la spécificité de la PCR par rapport à la culture dans le diagnostic du choléra dans la ville de Kalemie ;

I.6. CHOIX ET INTERET DU SUJET  

I.6. Choix du sujet  

Ce sujet a été motivé par une fréquence élevée du choléra observé dans notre milieu.  

I.6.2. Intérêt du sujet  

Le besoin de rendre disponible un outil efficace pour le diagnostic du choléra dans notre milieu.  

  1. Intérêt personnel                              

Nous avons mené une étude sur ce thème pour approfondir nos connaissances sur le diagnostic bactériologique du choléra. 

  • Intérêt académique Le présent travail répond aux exigences de l’Enseignement Supérieur et Universitaire (E.S.U) qui recommandent à chaque étudiant finaliste d’effectuer un travail scientifique. 
  • Intérêt scientifique    

En s’appuyant sur certaines méthodes et techniques scientifiques, notre travail va aboutir à des résultats fiables et utiles qui serviront de référence pour les futurs chercheurs qui mèneront des études similaires.

I.7. DELIMITATION DU SUJET  

  1. Délimitation temporelle  

Notre étude s’étend sur une période de 6 mois allant du 1er Septembre 2023 au 31 Mars 2024.  

  1. Délimitation spatiale  

Cette étude se réalise en deux étapes : le prélèvement des échantillons dans les centres de traitement de cholera à Kalemie et les analyses au laboratoire de l’INRB-GOMA située à Goma, commune de Goma, Ville de Goma, Province du Nord-Kivu, en République Démocratique du Congo.  

I.8. SUBDIVISION DU TRAVAIL  

Notre travail est subdivisé en six chapitres. Il s’agit de :  

  • Chapitre I : Introduction ;  
  • Chapitre II : Généralités sur le Cholera ;  
  • Chapitre III : Matériel et méthodes ;  
  • Chapitre IV : Résultats ;  
  • Chapitre V : Discussion des résultats ;  
  • Chapitre VI : Conclusion et recommandations.

CHAPITRE II : GENERALITES SUR LE CHOLERA

II.1. DEFINITION DES CONCEPTS

  • Evaluation : l’action d’estimer la valeur de quelque chose. Elle consiste à mesurer, quantifier (usage de méthodes statistiques) et caractériser une situation, une entité, un résultat ou une performance, de nature complexe et donc a priori difficilement mesurable.
  • Performance : résultat obtenu dans un domaine précis par quelqu’un, une machine, un test etc. [12].
  • Polymerase Chain Reaction : Est une technique d’amplification ciblée in vitro et qui permet d’obtenir à partir d’un échantillon complexe et peu abondant, d’importantes quantités d’un fragment d’ADN spécifique et longueur définie [13].
  • La culture : est une technique de laboratoire qui consiste à la mise en évidence et au  développement contrôlé de micro-organismes par croissance in vitro d’une souche bactérienne à partir d’un échantillon clinique.
  • Cholera : selon OMS, est une infection intestinale aigüe due à l’ingestion d’eau ou aliment contaminés par le bacille Vibrio cholerae [15].

II.2. VIBRIO CHOLERAE 

Le Vibrio cholerae est l’agent pathogène du Cholera. C’est un bâtonnet court, Gram négatif, légèrement incurvé (en virgule) et très mobile (en flèche) grâce à un flagelle polaire, de 2 à 3µm,

0.3um, isolé en paire ou amas, donnant l’aspect de bancs de poissons, aéro-anaérobie, Glucose+, mannitol+, mannose+, saccharose+, galactosidase+, gélatinase+, indole+, oxydase+ et réduisent les nitrates en nitrites. [12]

La croissance de la bactérie est favorisée par un pH alcalin de 7,6 à 9,5 (pH optimal : 8) et une concentration enrichie en NaCl de 3 à 8% à une température entre 2 et 40°C avec un optimum de 37°C. Ce germe est assez fragile, il est sensible à la chaleur (tué en 5 min à 80°) comme au froid, sensible aux antiseptiques, à de nombreux antibiotiques (dont les cyclines), à l’acidification du milieu de culture. Leur survie dans le milieu extérieur est variable, plus longue dans les boues, les matières fécales à l’abri du soleil mais ne semble pas dépasser quelques semaines. Chez le porteur, la survie est de 10 à 15 jours, parfois davantage. Le biotype El Tor présente une plus grande vitalité. [13]  

On connaît trois biotypes ou souches, de Vibrio cholerae : le biotype cholerae, agent pathogène du choléra classique, le biotype albensis (luminescent, n’a qu’un intérêt nomenclatural) et le biotype El Tor, agent du choléra moderne et actuel. Ce dernier a été isolé au lazaret El Tor dans le Golfe en 1905. [14]    

L’intérêt de la classification de GARDNER et VENKATRAMAN est que toutes les souches isolées à part de cas cliniques de choléra possèdent le même antigène O désigné O : 1 les autres groupes antigéniques ont été appelés « NON AGGLUTINANT » par le sérum O : 1 dit sérum anticholérique (NAG) ou encore Vibrions non cholériques (VNC) ce qui est une faute taxonomique car toutes les souches, quelle que soit leur composition antigénique, appartiennent à la même espèce Vibrio cholerae. Le groupe O : 1 est lui-même subdivisé en 3 sérotypes sur la base de 3 facteurs antigéniques du LPS, A, B et C ; on les appelle :

  • Ogawa (AB), 
  • Inaba (AC) Hikojima (ABC).
  • Les serotypes  Ogawa et Inaba sont les plus fréquemment rencontrés. [15] 

Le Vibrio cholerae possède des antigènes flagellaires H communs à tous les vibrions.  

II.3. RESERVOIR DU GERME     

Le réservoir est hydrique et humain. Dans le milieu aquatique (lagunes, fleuve), le Vibrio cholerae fait partie du microbiote normale et peut y vivre des années. Ainsi les poissons et les fruits de mer constituent de véritables réservoirs de germe [16]. 

II.4. PHYSIOPATHOLOGIE DU CHOLERA 

  • La diarrhée du choléra  

Les Vibrions sont absorbés par voie orale avec l’eau de boissons ou les aliments après contact direct avec les patients ou des porteurs sains. L’acidité gastrique protège partiellement de la contamination. Les bactéries se multiplient alors dans la lumière de l’intestin grêle et traversent la couche de mucus tapissant la muqueuse intestinale [17].    

Les bactéries adhèrent intimement à la bordure en brosse des entérocytes par des pili de type 4.

Le syndrome diarrhéique est dû à la sécrétion in situ d’une exotoxine protéique qui entraîne une fuite d’eau et d’électrolytes. Cette toxine est une protéine thermolabile composée d’une sous unités H (ou A) de 28KDa et de sous unité L (ou B) de 8KDa. L’exotoxine se fixe par des sous unités L ou gangliosides GM1, récepteur glycosidique de la membrane des enterocyte. La sous unité H est une pro-enzyme avec activité ADP ribosylase révélée par protéolyse. Cette ADP ribosylase, libérée dans le cytoplasme, active l’adenylcyclase des é entérocytes en bloquant la sous unité A de la protéine Gs qui normalement inhibe cette enzyme. Ceci induit une augmentation de l’AMPC intracellulaire, et provoque l’excrétion anormale d’ion sodium et la fuite hydrique [16]. 

  • Immunité  

L’immunité contre Vibrio cholerae est essentiellement humorale et de courte durée (2 à 3 ans). En zone d’endémie, les enfants paient un lourd tribut à la maladie, alors que les adultes sont relativement épargnés du fait de contaminations itératives qui leur confèrent une immunité parfois abrégée par la malnutrition. L’immunité contre le Vibrio cholerae est liée à la capacité de coloniser les plaques de Peyer de la muqueuse intestinale. Les bactéries ingérées par les cellules des plaques de Peyer sont transportées par les macrophages qui les détruisent et les présentent aux lymphocytes T et B. la toxine fixée est aussi transférée par transcytose aux lymphocytes de la lamina propria. Les lymphocytes B des plaques de Peyer et de la lamina propria secrètent dans la lumière intestinale des immunoglobulines, notamment de type IgA et IgG, qui sont des anticorps opsonisants et virocides anti-pili et anti-LPS et des anticorps neutralisant la toxine cholérique. On peut détecter chez les sujets exposés à Vibrio cholerae la présence d’anticorps sériques agglutinants et bactéricides, avec un pic à la 2ème semaine, qui vont ensuite disparaître en 4 semaines [17]. 

II.5. MODES DE CONTAMINATION  

La voie de contamination est digestive. L’homme élimine le Vibrio cholerae par les selles, les vomissements voire les sueurs. Il contamine l’eau et les aliments. La contamination directe se fait par contact avec le convalescent, le malade ou le cadavre. La contamination indirecte se fait à travers l’eau et les aliments contaminés. [18] 

II.6. FACTEURS FAVORISANT LA CONTAMINATION  

Le Vibrio est normalement détruit lorsqu’il est absorbé en petite quantité par l’acidité de l’estomac (1re barrière) et par la population bactérienne saprophyte du tube digestif (2e barrière).

Certains facteurs favorisent le passage du Vibrio jusqu’à l’intestin grêle : 

2.6.1. Facteurs épidémiologiques favorisants : 

  • Le niveau socio-économique bas qui conditionne les problèmes d’hygiène avec absence d’eau potable, de latrines, la promiscuité, la surpopulation, mais aussi les conditions de peuplement. 
  • La concentration humaine est le dénominateur commun de toute apparition du choléra (déplacements de populations après-guerre, famine, catastrophes naturelles ou grands rassemblements humains comme les pèlerinages, les fêtes et les marchés). 
  • L’insuffisance des structures sanitaires joue un rôle important dans l’extension de l’épidémie. Lorsqu’il y a une bonne prise en charge des premiers cas de choléra et que des mesures préventives sont d’emblée mises en place, l’épidémie s’arrête. 

Les moyens de transport, la diffusion épidémiologique est liée aux moyens de transport allant du jet à la marche en brousse, tout axe de déplacement étant axe épidémique. Ceci a pu accréditer la conception de maladie hydrique ; alors que la navigation côtière, fluviale ou lagunaire n’est qu’une voie de transport habituelle.[19]

2.6.2. Facteurs génétiques  

Chez les sujets bien équipés en gangliosides intestinaux (récepteurs), la période d’incubation est beaucoup plus brève et les symptômes de choléra sont plus graves [16]. Un pH alcalin multiplie par 40 le risque de gravité de choléra (consommateurs d’alcalinisant, les gastrectomisés, les vagotomisés).

  • Il faut une forte charge infectante ;
  • Il faut donc ingérer une grande quantité d’eau ou d’aliments contaminés, 
  • Il faut une hypochlorhydrie gastrique : chez les gastrectomisés, vagotomisés, consommateurs habituels d’alcalinisant, mais aussi en période de famine [16]. 

II.7.  MANIFESTATIONS CLINIQUES

Tous les sujets infestés par le Vibrio ne font pas forcement le choléra. Lorsque la maladie survient dans 90% elle est bénigne, asymptomatique. Dans moins de 10% le choléra est typique [20]. 

2.7.1. Formes cliniques 

2.7.1.1.Forme typique (choléra de l’adulte) 

  • L’incubation : Elle est brève et varie en fonction de la phase. Elle est de 2 à 3 jours, voire quelques heures, en période d’épidémie ou après un comptage massif ; 3 à 4 jours en phase endémique.    
  • Le début : Il est brutal, sans prodrome, volontiers nocturne chez un sujet en bonne santé. Il est marqué par une tension   épigastrique, des gargouillements, une angoisse, immédiatement suivis d’une évacuation intestinale abondante normale, puis diarrhéique, suivie de plusieurs autres à brefs intervalles. Des vomissements alimentaires puis bilieux les accompagnent. 
  • Le syndrome cholérique : Il est caractérisé par la survenue d’une diarrhée aqueuse, aspect « eau de riz », d’odeur fade, sans glaire ni sang, avec des vomissements abondants en jet, entraînant une déshydratation rapide et sévère réalisant la triade : diarrhée aqueuse, vomissements, déshydratation. Le nombre de selles est de l’ordre de 10 à 50 par jour avec une perte de 4 à 20 litres de liquides par jour. Le malade est apyrétique et présente des crampes abdominales (qui seraient plus fréquentes avec le Vibrio cholerae O :139). 
  • L’aspect du malade est caractéristique : il est parfaitement lucide mais la voix est cassée ou inaudible, le visage est émacié, les yeux sont vitreux, cernés et profondément enfoncés dans les orbites. Le malade est cyanosé et couvert de sueurs visqueuses et froides (température ≤ 36 °C). Le cholérique ressemble en moins de 24 heures au déporté quittant un camp de famine. Le pouls est rapide, mal frappé, imprenable. La tension artérielle est effondrée, les bruits du cœur sont lointains, la respiration difficile, la diurèse nulle (anurie). C’est un tableau d’algidité avec hypothermie à 36 °C.  

Il faut rapidement déterminer le degré de déshydratation du malade à fin d’assurer une bonne prise en charge précoce.

Dans cette forme classique, le malade non traité meurt en 48 à 72 heures, de collapsus complètement vidé de tous ses liquides. 

II.7.2.2. Les formes trompeuses

Dans la forme classique du choléra, la diarrhée est non sanguinolente. Cette diarrhée peut devenir sanguinolente à la longue, mais non d’emblée et les vomissements moins abondants. Dans cette forme, la température est souvent normale ou un peu élevée vers 37,5-38°C. 

Le choléra «sec » : Il entraîne la mort subite par collapsus cardio-vasculaire brutal et inaugural. 

Les formes graves : Elles peuvent guérir spontanément. Les vomissements cèdent les premiers, et le malade pouvant boire et s’alimenter, se réhydrate seul. La diarrhée persiste cependant plusieurs jours, mais la diurèse se rétablit et l’état général s’améliore. L’apparition d’une fièvre á 38°C et de sueurs chaudes est de bon pronostic. Un collapsus secondaire ou des troubles neuroencéphaliques avec agitation et délire sont possibles. 

II.7.2.3. La forme bénigne ou cholérine 

Elle est fréquente et se résume à un tableau de gastro-entérite aiguë non fébrile, ou une diarrhée banale de diagnostic difficile. Elle est faite de 2 à 3 selles liquides aspect « eau de riz» par jour.     

II.7.2.4. Les formes selon le terrain 

§ Chez les enfants : ils sont surtout atteints en phase endémique ou en fin de poussée épidémique, le risque vital est plus élevé. 

Chez les vieillards : Ils meurent souvent de défaillance cardiaque ou d’insuffisances rénales secondaires. 

Chez la femme enceinte : L’avortement est habituel (par acidose et l’hypoxie. [20]

II.7.3. Aspects particuliers en cas de coïnfection  

  • La coïnfection avec un autre agent entéropathogène aggrave la clinique chez le cholérique : dans ce cas, le risque de faire une forme grave est multiplié par 2.
    • L’infection préalable par Helicobacter pylori favorise les formes graves de choléra.

Cela s’explique par la plus grande sensibilité de Vibrio cholerae  à l’hypochlorhydrie gastrique,

  • Le risque de létalité par choléra est plus élevé en cas d’infection par le VIH/SIDA. 

II.8. DIAGNOSTIC PARACLINIQUE 

Après la confirmation des premiers cas au début de l’épidémie de choléra, le diagnostic para clinique n’est plus nécessaire.  

II.8.1. Examen bactériologique  

Il exige plusieurs étapes : 

  • Le Prélèvement, 
  • Conditionnement, 
  • Le transport,
  • L’examen direct, 
  • La culture et 
  • L’identification.   

II.8.1.1. Prélèvement des selles : [19] 

Il se fait de plusieurs façons : 

  • Par écouvillonnage, 
  • Immersion de papier buvard dans les selles, 
  • Puis ces papiers sont scellés dans des sachets en plastique par une membrane de cellophane afin d’éviter la dessiccation. C’est la méthode de BARUA ou  ü Par prélèvement d’échantillons de selles Directes.     

II.8.1.2. Etiquetage /Conditionnement

  • Etiqueter le prélèvement en apposant sur le récipient le nom, l’âge du patient, ainsi que la date de prélèvement. 
  • Remplir la fiche de notification des cas inscrivant le nom, l’âge, l’adresse du patient, les signes cliniques de la maladie, la date et l’heure.   

II.8.1.3. Transport au laboratoire  

Les prélèvements introduits dans le milieu de Cary Blair doivent être transportés à température ambiante. Les autres prélèvements doivent être transportés au frais entre 2 et 8 degrés. 

II.8.1.4. Examen microscopique  

A l’état frais on note une mobilité suspecte. La coloration de Gram montrera des bacilles à Gram négatif incurvés en virgule.  

II.8.1.5. Culture  

Après 4 à 6 heures d’incubation dans le bouillon Eau Peptonée Alcaline (EPA), faire l’isolement sur milieu Thiosulfate Citrate Bile Saccharose (TCBS) et Gélose Nutritive Alcaline

(GNA) incubé à 36°C pendant 24 Heures. Repérer les colonies suspectes et faire l’oxydase. Si l’oxydase est positive faire agglutination avec les sérums anti vibrion cholérique O : 1, O : 139 si positif avec le sérum OGAWA, INABA.

II.8.1.6. Identification : [1, 23] 

Elle utilise la technique d’agglutination avec des sérums polyvalents anti 0 : 1 et anti 0 : 139, puis par des sérums monovalents anti OGAWA, anti INABA et anti HIKOJIMA.

TCBSOXYDASEPOLYVALENTINABAOGAWA 
Jaune/verdâtre+++–INABA
Jaune/verdâtre++–+OGAWA
Jaune/verdâtre++++IKOJIMA

II.8.2. Bandelettes réactives  

La bandelette réactive est une technique rapide et plus facile par rapport à la technique précédente, elle est basée sur l’immunochromatographie. Elle se réalise en plongeant la bandelette dans un échantillon de selles. Il va apparaître dans 2 à 5mn, un ou deux traits rouges sur la bandelette (1 trait = négatif, 2 traits = positif). Cette technique a une spécificité de 84 à 100% et une sensibilité de 94 à 100%. 

  1. DIAGNOSTIC DIFFERENTIEL  

Le diagnostic différentiel se fait avec toutes les causes bactériennes, virales et parasitaires de syndrome cholériforme ou de choléra atypique. En effet en période épidémique, le diagnostic de choléra est parfois évoqué en excès dans : Les toxi-infections alimentaires (Staphylococcies,

Salmonelloses, Schigelloses, Campylobacterioses). [20] 

Chez l’enfant le Rotavirus et les colibacilles enterotoxinogènes réalisent des tableaux similaires. [17] 

  1. EVOLUTION  

En l’absence de traitement, la maladie évolue vers un état de grande faiblesse, de léthargie puis la mort qui survient en 1 à 3 jours, dans 25 à 30% de cas par collapsus cardio-vasculaire. La mortalité est plus importante chez les enfants, les personnes âgées et les sujets carencés. 

Les éléments de surveillance sont cliniques et biologiques : 

  • Clinique : il s’agit du pouls, tension artérielle, température, état d’hydratation.
  • Biologie : Ce sont la numération formule sanguine, pH sanguin, et ionogramme sanguin. 

Si le malade est rapidement et correctement réhydraté, le risque d’issue fatale devient très faible

(1 à 5%). Les divers troubles s’estompent rapidement. La guérison est totale en 2 à 3 jours, sans séquelles et la récupération rapide. [21]

II.11. LES COMPLICATIONS 

Les complications métaboliques sont : 

  • L’acidose métabolique par perte rapide en bicarbonate et 
  • Hypokaliémie en rapport avec la fuite potassique, pouvant être responsable d’un iléus paralytique.  

Chez l’enfant, on peut observer :

  • Des troubles de la conscience, 
  • Des convulsions. Il présente une oligurie évoluant rapidement vers l’anurie. [19 ; 22] 

II.12. PRONOSTIC  

Selon Lapeyssonie (une diarrhée sévère suivie de vomissement qui tue les adultes en quelques heures est presque toujours un choléra). Le pronostic est sévère lorsque la prise en charge n’est rapide et efficace [23]. 

II.13. TRAITEMENT  

II.13.1. Traitement curatif  

v But  

C’est de lutter contre la déshydratation et ses conséquences, d’éliminer le Vibrio cholerae du tube digestif et de rompre la chaîne de contamination. [18 ; 20]   

–  Les moyens : La réhydratation est la clé du traitement   ü Etape 1: Evaluer le niveau de déshydratation. 

  • Etape 2: Réhydrater le malade et le surveiller fréquemment, puis évaluer son état. 
  • Etape 3: Maintenir la réhydratation et compenser les pertes de liquide causées par les selles.  
  • Etape 4: Alimenter le malade. 
  • Etape 5 : Administrer un antibiotique oral au malade sévèrement déshydraté – Lutte contre le choléra : 

Si le choléra est déclaré : 

 Installer immédiatement un CTC/ Unité de traitement à l’ouest du village au moins à 200 mètres des dernières maisons pour isoler les malades, 

 Aménager des latrines, 

 Désinfecter et couvrir chaque selle d’une couche de terre, 

 Fournir de l’eau potable au CTC, 

 Limiter les visites aux malades, 

 Désinfecter les selles et vomissures des malades, 

 Désinfecter les objets des malades (habits) en les trempant dans une solution d’eau fortement javellisée, 

 Incinérer les nattes et les objets irrécupérables des malades, 

 Prendre des dispositions particulières pour la manipulation des cadavres, 

 Lavage des mains après les toilettes,   Nettoyage/propreté des aliments. 

  • Traitement de l’eau 
    • Javellisation de l’eau : 3 gouttes d’eau de javel à 12 degrés dans 1000ml d’eau claire ; 1cuillerée à café d’eau de javel à 12 degrés pour un contenant (seau, canari, réservoir) de 20000 ml d’eau claire ; 1 verre à thé N°8 d’eau de javel pour un fût de 20000 ml d’eau claire. 
    • Purification de l’eau : Aquatabs® comprimé : 1 comprimé pour 20 litres et laisser pendant 30 minutes 
    • Ebullition de l’eau : Bouillir l’eau à gros bouillons pendant 10 minutes (à compter à partir de l’apparition des bouillons).   
  • Hygiène des aliments    ü Bien cuire les aliments, 
  • Nettoyage des fruits et légumes à l’eau fortement javellisée, puis rinçage à l’eau potable, 
  • Bien protéger les aliments contre les mouches. 
  • Evacuation des excréta : 
  • Désinfecter les selles des patients au grésil ou à la chaux vive,  ü Lavage des mains au savon à la sortie des toilettes. 

– Cérémonies funéraires :  

  • Désinfecter les corps des défunts à l’eau fortement javellisée, 
  • Limiter les contacts, 
  • Désinfecter les mains /et les habits après enterrement,  § Enfouir ou incinérer les déchets solides. 

– Communauté  

  • Utilisation de l’eau saine (javelliser/Purifier ou faire bouillir), 
  • Evacuation des excréta dans de bonnes conditions d’hygiène (utiliser des toilettes ou enterrer les selles), 
  • Propreté des mains, 
  • Supervision des funérailles, 
  • Acheminement rapide de tout malade au centre de santé. 
  • Traitement prophylactique 
  • Mesures prophylactiques [17 ; 20]  

Elle consiste dans un contexte de risque épidémique (guerre, déplacement des populations vers les camps de réfugiés, …) ou épidémie proprement dite d’appliquer les mesures d’hygiène rigoureuse, (très difficile dans ces conditions) de faire recourt à la vaccination, ou à une antibiothérapie.   

v Mesures d’hygiène :  

Après confirmation du diagnostic au laboratoire : 

  • L’isolement des malades (visites formellement interdites),
  • La désinfection des vomissements à l’eau de javel à 5% pendant quatre heures et des selles au grésil sodique à 4% ou au lait de chaud pendant six heures, 
  • La désinfection des ustensiles et vêtements du malade à l’eau de javel ou par ébullition, 
  • Le lavage des cadavres avec l’eau désinfectante et leur ensevelissement dans un linceul arrosé d’antiseptiques avant enterrement ou incinération, 
  • La désinfection des sols et les murs avec une solution de grésil à 5% ou de l’eau de javel, 
  • Le personnel soignant doit être expérimenté, (port de blouses à longues manches, de bottes et des masques, désinfection des mains par le savon, l’alcool ou l’eau de javel avant de rentrer à la maison) pour éviter la diffusion des germes. 
  • Chimio prophylaxie  

Elle doit être strictement limitée aux personnes ayant eu un contact très rapproché avec le malade ou le cadavre.  Si la chimio prophylaxie de masse permet de réduire sensiblement le nombre de vibrions circulants, elle contribue aussi à l’apparition rapide des phénomènes de résistance des vibrions aux antibiotiques. Face à la résistance de plus en plus fréquente aux sulfamides, on prescrit de la tétracycline à la posologie de 1 à 1.50g repartis en 2 à 3 prises quotidiennes pendant 3 à 4jours, ou la Doxycycline 300mg en prise unique.     

  • La vaccination  

Le vaccin anticholérique parentéral, qui confère une protection incomplète peu fiable et son brevet a fait l’objet de nombreuses critiques. En effet, l’immunité vaccinale est insuffisante et ne protège que 50% des sujets avec une injection, et 60% avec deux injections pendant seulement six mois théoriquement mais trois à quatre mois en pratique. [7 ; 10 ; 24] 

Ainsi la vaccination trouve son utilité dans les situations d’extrême urgence dans des populations déplacées (guerre, catastrophes naturelles) vivant en zones d’endémie cholérique mais la mortalité ne doit pas dépasser 1 à 2/10000 personnes par jour. Elle confère également une certaine stabilité d’esprit au niveau de la population du fait de la panique qui s’empare souvent de celle-ci lors des épidémies de choléra. Elle ne diminue pas la durée de portage des vibrions, par conséquent, on ne doit pas atteindre de ces campagnes de vaccination de masse ni l’éradication du choléra, ni la limitation de sa diffusion. En plus, la vaccination peut donner un faux sentiment de sécurité aux personnes et aux autorités sanitaires qui alors négligent les mesures plus efficaces. La vaccination permet uniquement de réduire l’importance des flambées épidémiques. [10] 

En fin, les campagnes de vaccination absorbent des ressources financières et humaines déjà limitées qui pourraient aller à des mesures plus efficaces de lutte. [23]   

L’OMS ne recommande aucun vaccin en période d’épidémie en tant que mesure de santé publique, même si leur efficacité et leur intérêt potentiel ne fait pas de doute. [7 ; 16]    – Trois types de vaccins sont disponibles : 

  1. Le vaccin sous cutané classique, 
  2. Le vaccin inactivé oral (CHOLERIXR), 
  3. Le vaccin oral (OROCHOL BERNAR).  

2.4. Mesures pratiques  

  Etablissement des soins : On regroupera tous les cas dans un centre spécial. Les malades devront occuper un lit pour cholérique, lits percés à leur centre d’un trou permettant le recueil des selles dans un sceau gradué. Tous les cas doivent être déclarés et l’on établit une courbe de surveillance épidémiologique hebdomadaire. On identifiera les sources de contamination en s’aidant des dossiers cliniques des malades.  

–  Les mesures préventives   

Les mesures de préventions ont été élaborées et appliquées. Il s’agissait : 

  • L’interdiction de regroupement (funérailles); 
  • L’interdiction de la fréquentation et de l’utilisation de l’eau du fleuve; 
  • Le traitement de tous les puits traditionnels avec l’eau de javel; 
  • La désinfection des chambres, objets, latrines dans les ménages des malades cholériques; 
  • Le creusement des fosses d’incinération pour tous les objets souillés aux centres de traitement du choléra ; 
  • La supervision de la qualité de traitement de l’eau de boisson dans les ménages ; 
  • Le respect des mesures de protection au cours de la manipulation les cadavres (simplifier le lavage du corps, utiliser l’eau de javel et du grésil, boucher tous les orifices naturels avec du coton imbibé de grésil) ; 
  • La désinfection des objets (habits, couvertures, les ustensiles de cuisine etc.) des malades et accompagnants à leur sortie du centre de traitement du choléra ; 
  • Le trempage des pieds et la désinfection des mains dans l’eau de décontamination préparée à la sortie du CTC [24].

CHAPITRE III. MATERIEL ET METHODES

III.1. CADRE D’ETUDE

  1. Dénomination : La structure qui nous a accueilli durant notre période d’étude est nommée « Laboratoire Rodolphe Mérieux de l’Institut National de Recherche Biomédicale/GOMA (LRM INRB/Goma) ».
  2. Situation géographique 

Le laboratoire Rodolphe Mérieux de l’INRB /GOMA, est situé en RDC dans la province du Nord-Kivu Commune de Goma, Quartier Les Volcans dans la Zone de Santé de Goma.  

  • Services organisés à l’INRB/GOMA

L’INRB-Goma comprend une direction, des départements et des unités. A part la directeur, l’INRB-Goma comprend les départements ci-après :

  • Administration et finance
  • Logistique et Techniques
  • Nouvelles technologie et Communication de l’information –         Le laboratoire avec plusieurs unités : 
    • La bactériologie
    • La virologie et Biologie moléculaire
    • Le séquençage
    • L’immuno sérologie
    • Biologie clinique et parasitologie. 

[- 18 -]

  1. TYPE ET PERIODE D’ETUDE

Notre étude est une transversale analytique effectuée au cours de la période allant du 1er Septembre 2023 au 31 Mars 2024.

  1. POPULATION D’ETUDE 

La population de notre étude est constituée des échantillons des cas suspects de choléra en provenance de la ville de Kalemie. 

  1. CRITERES DE SELECTION 
  2. Critère d’inclusion : Est inclut dans cette étude tous les échantillons des selles prélevées chez les cas suspects de Choléra qui ont consulté dans les CTC en provenance de Kalemie. 
  3. Critère d’exclusion : Est exclu de cette étude tous les échantillons de selles ne répondant pas à la définition des cas. 
  4. 5. TECHNIQUE D’ECHANTILLONNAGE ET TAILLE D’ECHANTILLON

Notre taille d’échantillon est tirée de manière exhaustive et notre taille d’échantillon a été de 100. 

III.6. TECHNIQUES DE COLLECTE DES DONNEES ET ANALYSE DES DONNEES  

Diverses techniques ont été utilisées dans cette étude lors de la collecte des données dont :

II.6.1. Technique documentaire 

Au cours de cette technique, nous avons utilisé une fiche de récolte des données sur laquelle il nous a fallu consigner les résultats d’analyse avant le dépouillement.

II.6.2. Technique d’analyse au laboratoire : prélèvement, transport et analyse des résultats

Cette technique, nous a permis d’obtenir des données chiffrées partant du nombre d’analyses effectuées au laboratoire à chaque variable d’étude.

1. La culture : L’approche habituelle pour le diagnostic du patient et la surveillance du choléra sur l’examen clinique des cas suspects de choléra avec confirmation par la culture positive sur des échantillons de selles dans le laboratoire de référence. L’eau Peptonée Alcaline est recommandée comme bouillon d’enrichissement et la Gélose Thiosulfate-citrate-sels biliaires-saccharose (TCBS) est le milieu sélectif de choix.  

Techniques 

Voici les étapes générales pour réaliser la culture du choléra :

  1. Préparation du milieu de culture : Pour cultiver Vibrio cholerae, un milieu de culture spécifique appelé milieu de Thiosulfate-Citrate-Bile-Sucrose (TCBS) est souvent utilisé. Ce milieu contient des nutriments nécessaires à la croissance de la bactérie et des composés sélectifs pour inhiber la croissance d’autres bactéries.
    1. Inoculation de l’échantillon : Un échantillon suspecté de contenir Vibrio cholerae, comme des selles d’un patient atteint de choléra, est prélevé et inoculé sur le milieu de culture TCBS.
    1. Incubation : Les plaques contenant l’échantillon inoculé sont incubées à une température optimale pour la croissance de Vibrio cholerae, généralement autour de 37°C. La bactérie se développe et forme des colonies caractéristiques sur le milieu de culture. 
    1. Observation des colonies : Après une période d’incubation appropriée, les colonies de Vibrio cholerae peuvent être observées visuellement. Les colonies typiques de Vibrio cholerae sur le milieu TCBS sont jaunes et translucides.
    1. Confirmation de l’identification : Pour confirmer l’identification de Vibrio cholerae, des tests biochimiques supplémentaires peuvent être réalisés, tels que des tests d’oxydase, de fermentations sucrées et d’autres caractéristiques biochimiques spécifiques à cette bactérie.

Le Vibrio cholerae est l’agent pathogène du Choléra. C’est un bâtonnet court, Gram négatif, légèrement incurvé (en virgule) et très mobile (en flèche) grâce à un flagelle polaire, de 2 à 3µm,

0.3um, isolé en paire ou amas, donnant l’aspect de bancs de poissons, aéro-anaérobie, Glucose+, mannitol+, mannose+, saccharose+, galactosidase+, gélatinase+, indole+, oxydase+ et réduisent les nitrates en nitrites et elle utilise la technique d’agglutination avec des sérums polyvalents anti 0 : 1 et anti 0 : 139, puis par des sérums monovalents anti OGAWA, anti INABA et anti HIKOJIMA.

Il est important de noter que la manipulation des échantillons potentiellement infectieux doit être effectuée dans un environnement de laboratoire approprié et en suivant des protocoles de sécurité stricts pour éviter toute contamination croisée et pour assurer la sécurité des personnes manipulant les échantillons.

2. PCR 

Définition : la Polymérase Chain Reaction ou encore ACP pour Amplification en Chaine par polymérase) est une technique de réplication ciblée in vitro.  Elle permet d’obtenir à partir d’un échantillon complexe et peu abondant d’importantes quantités d’un fragment d’ADN spécifique et de longueur définie. Cette technique repose sur 3 étapes de l’amplification spécifique d’une séquence d’acide nucléique in vitro. Chaque cycle de PCR s’effectue en 3 étapes :

 La dénaturation thermique de l’ADN à 95°C, 

 L’hybridation des amorces à 50-65°C et  L’élongation à 72°C. 

Matériels :

  1. Incubateur
  2. Hotte 
  3. Thermocycleur 
  4. Plaque chauffante 
  5. Centrifugeuse 
  6. Couvre plaque
  7. Plaque
  8. Gants
  9. Vortex 
  10. Embouts
  11. Bic marqueur
  12. Ependole de 2ml
  13. Micropipette 

Réactifs

  1. Eau de PCR
  2. Reserve 
  3. Probe 
  4. Sonde O1
  5. Sonde Ct XA
  6. Sonde TO XR
  7. Control positif 
  8. Control négatif 

Techniques : pour réaliser la PCR du choléra voici les étapes générales :

  1. Extraction de l’ADN : L’ADN est extrait des échantillons de choléra, tels que des échantillons de selles ou d’eau contaminée, en utilisant des méthodes d’extraction d’ADN.
  2. Préparation du mélange réactionnel : Un mélange réactionnel est préparé en ajoutant de l’ADN extrait, des amorces spécifiques du gène du choléra, des nucléotides (dNTP), une polymérase thermostable et un tampon réactionnel dans des tubes à réaction.
  3. Cyclage thermique : Les tubes à réaction contenant le mélange réactionnel sont placés dans un thermocycleur, qui effectue une série de cycles de chauffage et de refroidissement pour permettre l’amplification de l’ADN spécifique du choléra. Les températures et les durées des cycles varient en fonction du protocole spécifique utilisé.
  4. Analyse des produits de réaction : Les produits de réaction sont analysés par électrophorèse sur gel d’agarose pour vérifier l’amplification de l’ADN du choléra.

Il est important de noter que la PCR du choléra nécessite des mesures de sécurité appropriées pour éviter la contamination croisée et la propagation de l’infection. De plus, des contrôles positifs et négatifs doivent être inclus dans chaque expérience pour assurer la fiabilité des résultats.

III .7. METHODES ET APPROCHES D’ANALYSE DES DONNEES

II.7.1. Méthode qualitative 

Elle nous a aidé à faire l’analyse et l’interprétation de nos résultats obtenus au cours de nos analyses au laboratoire. II.7.2. Méthode quantitative 

Cette dernière nous a permis d’assister à l’analyse de choléra au point d’aboutir aux résultats en données chiffrées. 

Approche statistique : les statiques descriptives et référentielles sontappuyées par le calcul de KHI carré, qui à son tour nous permettra de regrouper les données dans les tableaux après le calcul de pourcentages sous la formule :

𝒏𝒊

  𝐏=𝑿𝟏𝟎𝟎

𝐧

III.8. VARIABLES A ETUDIER 

  • Provenance 
  • Age
  • Sexe
  • Résultat de la culture 
  • Résultats de la PCR
  • Relation entre les 2 méthodes

III. 9. SAISIE ET TRAITEMENT DES DONNEES 

La saisie de nos données a été réalisée à l’aide du logiciel informatique Microsoft Word 2010, l’encodage et traitement de nos données ont été réalisé à l’aide du logiciel Microsoft Excel 2010 et le logiciel SPSS Version. 25.

III. 10. CONSIDERATIONS ETHIQUES 

Les prélèvements ont été faits après un consentement éclairé de nos patients ou des accompagnateurs. Les bonnes pratiques médicales ont été respectées ainsi que le respect de secret professionnel. 

CHAPITRE IV : RESULTATS

I. TABLEAUX UNI VARIES

Tableau n° I : Répartition des échantillons des cas suspects par sexe

SexeEffectif%
Masculin5252
Féminin 4848
Total 100100

Au regard de ce tableau n° I, il ressort que les deux sexes étaient représentés avec une prédominance masculine de 52 cas soit 52%. 

Tableau n° II : Présentation des échantillons des cas suspects par tranche d’âge

Tranche d’âgeEffectif%
0 à 14 ans4646
15 ans et plus5454
Total 100100
Nous observons pour ce tableau n° II, que la tranche d’âge situé entre 15 plus représentée avec 54 ans soit 54%. Tableau n° III : Répartition des cas selon la provenanceans et plus était la
ProvenanceEffectif%
Kalemie 100100
Total100100

Les résultats de ce tableau n° III, révèlent que tous les échantillons sont venus à Kalemie avec une fréquence de 100 cas soit 100%.

Tableau n° IV : Répartition des cas selon les souches de Vibrio cholerae lors de la culture 

Sérotypage Effectif%
Vibrio cholerae Ogawa   4444
Vibrio cholerae inaba    3535
Vibrio cholerae ikojima     3131
Total100100

Les résultats de ce tableau n° IV, révèlent que le Vibrio cholerae ogawa a été le sérotype le plus identifié à la culture avec 44 cas soit 44%.   

Tableau n° V : Répartition des cas selon les souches de Vibrio cholerae lors de la PCR

Sérotypage Effectif %
Vibrio cholerae Ogawa   5858
Vibrio cholerae inaba    3030
Vibrio cholerae ikojima     1212
Total100100
Les résultats de ce tableau n° V, révèlent que le Vibrio cholerae ogawa plus identifié à la PCR avec 58 cas soit 58%.  Tableau n° VI : Présentation des résultats de la culturea été le sérotype le
CultureEffectif%
Positive4444
Négative5656
Total100100

Il ressort de ce tableau n° VI, que 44 échantillons soit 44% étaient positifs à la culture des selles. 

Tableau n° VII : Présentation des résultats de la PCR

PCREffectif%
Positive5858
Négative4242
Total100100

Au vu de ce tableau n° VII, nous constatons que 58 échantillons des selles étaient positifs à la PCR soit 58%.

II. TABLEAUX BI VARIES 

Tableau n° VIII. Fréquence des résultats globaux de la PCR et la culture 

Test PCR    
  Culture   PositivePositive      NégativeTotalKhi-deuxv-cramerp-value
      44                 04412,0420,7470,000
 Négative      14                4256   
Total        58                42100   

Par rapport à la PCR considérée comme référence, nous avons observé 44 Vrais Positifs(VP) et 0 Faux Positifs (FP), 14 Faux Négatifs (FN) et 42 Vrais Négatifs (VN). Et le seuil de significativité était sorti inférieur à la valeur normale par ce que p-value inférieur à 0,05. Ce qui veut dire qu’il y a une relation entre la méthode de PCR et la culture. 

27

Tableau n° VIII. Paramètre de performance de la PCR comparée à la culture

Performance                                                  Formule                                     Résultats

VP+FN

Spécificité (Sp) Sp= VN 𝑋100 VN+FP100%
VPP VPP= VP 𝑋100 VP+FP100%
VPN VPN= VN                              75%

𝑋100

En calculant la performance de la PCR, nous avons trouvé la sensibilité à 75,9% pour une spécificité de 100%, la Valeur Prédictive positive a été calculée à 100% pour une Valeur Prédictive Négative à 75%.

CHAPITRE V : DISCUSSION

V.1. Discussion des échantillons des cas suspects par sexe

Nous avons trouvé que les deux sexes étaient touchés à une répartition presqu’égale avec une prédominance masculine de 52 cas soit 52%. 

Nos résultats convergents avec ceux de Jean BALUME KITSA qui avait trouvé une fréquence de 63,1% chez le sexe féminin [14].

Par contre Rostand MBELLA MBONG et al, avaient trouvé que le sexe masculin était le plus touché par le choléra soit une fréquence de 55% [15]. 

Ces résultats s’expliqueraient par le fait que le choléra peut affecter les individus de tous les sexes, mais il existe des facteurs socio-culturels et économiques qui peuvent rendre certaines personnes vulnérables à la maladie en fonction de leur sexe. 

V.2. Discussion des cas selon leur tranche d’âge

Nous avons trouvé que la tranche d’âge situé entre 15 ans et plus était la plus représentée avec 54 ans soit 54%.

Nos résultats sont en contradiction avec ceux de Ali Aaratou et al, qui avait trouvé que les enfants âgés de moins de 10 ans étaient les plus touchés par les cas de choléra avec un taux de 43% [16].

Nos résultats sont différents de ceux de Jérôme Ateudjieu et al, qui avait trouvé que les enfants les plus touchés avaient l’âge qui varie entre 2 et 5 ans soit 35% [17].

Ces différences peuvent s’expliquer par leur immunité, les facteurs de risques, la réponse au traitement, les complications qui peuvent survenir chez un individu à un autre. 

V.3. Discussion des cas selon la provenance

Nous avons trouvé que la plupart d’échantillons sont venus à Kalemie avec une fréquence de 100 cas soit 100%. Cette prédominance serait aussi liée d’une part, au fait que la ville est située au bord du lac et ce dernier constitue le principal facteur de risque du choléra à l’est de la RDC (61% des cas rapportés). C’est autour de ces zones lacustres, qualifiées aussi de zones sanctuaires, que se rétractent les cas résiduels de choléra en période inter-épidémique. D’autre part, l’absence d’accès en eau potable, la promiscuité, l’insalubrité, surpeuplement et un faible niveau d’hygiène individuelle et collective constituent aussi des facteurs qui peuvent justifier la survenue du choléra dans la ville de Kalemie.

V.4. Discussion des résultats de la culture

Nous avons trouvé que 44 échantillons soit 44% étaient positifs à la culture des selles. 

Nos résultats sont différents de ceux de Sophie Chalmin et al 2020 qui avait trouvé que 56 « échantillons des selles étaient positifs à la culture soit 52% [18].

Par contre Boloweti a trouvé que la culture était positive à 35% des cas [19]. 

Ces résultats peuvent s’expliquer par un contexte géographique : Les différentes régions ou pays peuvent avoir des caractéristiques géographiques, climatiques, socio-économiques et sanitaires distinctes qui peuvent influencer les résultats d’une culture. 

V.5. Discussion des résultats de la PCR et culture

Nous avons trouvé que 58 échantillons des selles étaient positifs à la PCR soit 58%. 

Nos résultats sont divergents de ceux de Sophie Chalmin et al qui avait trouvé que 77 échantillons sur 120 étaient positifs à la PCR soit 64,2% [18].

Par contre Houenou Pascal et al avait trouvé que la PCR plus de la moitié d’échantillons étaient positifs à la PCR [20]. 

Nous avons trouvé que la PCR considérée comme référence, nous avons observé 44 Vrais Positifs (VP) et 0 Faux Positifs (FP), 14 Faux Négatifs (FN) et 42 Vrais Négatifs (VN).

Nos résultats se rapprochent de ceux trouvés par Babaka Nesthinyi et al qui étaient de 50 Vrai positifs, 0 faux positifs, 30 faux négatifs et 20 étaient Vrais négatifs sur 100 échantillons quand on compare la culture à la PCR[21].

De ces résultats nous disons que la PCR est une méthode plus rapide et plus sensible pour détecter le Vibrio cholerae. Elle permet de détecter l’ADN spécifique de la bactérie en quelques heures seulement, ce qui permet un diagnostic plus rapide et précis. Cependant, la PCR nécessite un équipement spécialisé et des compétences techniques pour être réalisée, ce qui peut limiter sa disponibilité dans certains contextes. Bien que la culture bactérienne soit une méthode éprouvée et largement utilisée, elle présente quelques inconvénients par rapport à la PCR. La culture bactérienne peut prendre plusieurs jours pour produire des résultats, ce qui peut retarder le diagnostic et le traitement des patients atteints de choléra. 

En calculant la performance de la PCR par rapport à la culture, nous avons trouvé la sensibilité à 75,9% pour une spécificité de 100%, la Valeur Prédictive positive a été calculée à

100% pour une Valeur Prédictive Négative à 75% 

Ces résultats viennent rejoindre ceux de John MWAMBA, et qui avaient trouvé que la PCR était plus performant que la Culture à une sensibilité la sensibilité à 66,7% pour une spécificité de 63,6%.  Il avait calculé la Valeur Prédictive positive à 60% pour une Valeur Prédictive Négative à 70%. [22].

Boloweti a trouvé dans son étude avait trouvé que la PCR était plus performantes que la culture en calculant la sensibilité il a trouvé 70% pour une spécificité de 65%, la Valeur Prédictive Positive avait été calculé à 75% pour une Valeur Prédictive Négative à 85% [19]. 

Ces résultats peuvent se justifier par le choix de la PCR par rapport à la culture dans le diagnostic du choléra peut baser sur plusieurs facteurs : 

  1. Les conditions de transport (température, utilisation d’un milieu de transport ex Cary Blair, la durée de transport des échantillons du terrain vers le laboratoire, si la durée est longue les antigènes peuvent être détruits et ne pas être détectés en PCR.
  2. Les condition d’amplification de la PCR (Amorces, sondes) qui peuvent être moins performantes.
  3. Le protocole utilisé pour la PCR et le traitement des échantillons qui peuvent aussi être différents.  

CHAPITRE VI : CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS

VI.1. CONCLUSION

En conclusion, l’étude comparative démontre que la PCR est plus efficace que la culture dans le diagnostic du choléra en raison de sa sensibilité élevée, de sa rapidité et de sa facilité d’automatisation. Cependant, la culture peut encore être nécessaire dans certains milieux où le plateau technique n’est pas réuni par exemple en milieux reculés. Il est donc important d’évaluer à large échelle ces deux méthodes pour obtenir une performance généralisable.    

VI.2. RECOMMANDATIONS

  • Au Programme National d’Elimination du Choléra (PNECHOL)  
    • Se rassurer que les échantillons sont correctement prélevés, stockés et transportés conformément aux réglementations internationales en matière de transport d’échantillons biologiques. 
    • Utiliser des contenants et des conditions de transport appropriés pour garantir l’intégrité des échantillons pendant le transport.
  • Au laboratoire
    • Utiliser des protocoles normalisés pour l’extraction d’ADN et la réalisation de la PCR, ainsi que pour la culture bactérienne. 
    • Assurez-vous que les laboratoires impliqués dans l’étude suivent des procédures normalisées pour garantir la reproductibilité des résultats.
  • Aux autorités 
    • Mettre en place des contrôles de qualité rigoureux pour chaque étape de l’analyse, y compris le prélèvement des échantillons, l’extraction d’ADN, la préparation des milieux de culture et l’interprétation des résultats. Cela permettra de garantir la fiabilité des données obtenues. – Evaluer la performance des outils de diagnostic utilisés dans le diagnostic du choléra  – Equiper les laboratoires provinciaux avec les outils pour faire la culture et la PCR. 

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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MEMOIRE GENTIL MUGEMUZI Alain FINI.Télécharger
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